TK Negeri 5 Yogyakarta adalah lembaga pendidikan PAUD yang baru di lingkungan dinas pendidikan kota Yogyakarta, di resmikan oleh Walikota Yogyakarta Bpk. Haryadi Suyuti pada tanggal 13 Juli 2020. TK Negeri 5 sebelumnya lebih dikenal Taman Kanak-Kanak PKK Lempuyangwangi yang terletak di tengah-tengah kota Yogyakarta, yang beralamat di Jl. Hayam Wuruk No.11 Yogyakarta masuk Kelurahan Tegal Panggung Kecamatan Danurejan yang didirikan oleh Yayasan Lempuyangwangi pada tahun 1980, dengan menempati tanah milik pemerintah DIY dan jadi satu komplek dengan SD Negeri Lempuyangwangi. Dan pada tahun 2007 SDN Lempuyangwangi mendapat bantuan Gedung Rintisan Penyelenggaraan T/SD Satu atap oleh Dinas Pendidikan Propinsi, maka yang sebelumnya TK PKK Lempuyangwangi berlokasi di belakang SDN Lempuyangwangi dipindahkan di ruang Kepala Sekolah SDN Lempuyangwangi dengan luas ruangan 12 m² : 10 m², di depan sejajar dengan bangunan SDN Lempuyangwangi.

Dengan berjalannya waktu pada tahun 2012 TK PKK Lempuyangwangi Pengelolaannya diserahkan ke Dinas Pendidikan Kota Yogyakarta, rencana dari Dinas Pendidikan akan dijadikan TK Negeri namun keterbatasan lahan sehingga kurang memenuhi kriteria TK Negeri. Akhirnya pada tanggal 15 Mei 2015 TK Lempuyangwangi diserahkan ke Pemerintah kota Yogyakarta, oleh Pemerintah kota Yogyakarta diterbitkan surat Walikota Yogyakarta dengan nomor: 420/2762 tentang Penyerahan Pengelolaan TK PKK kepada Tim Penggerak PKK kota Yogyakarta. Dengan demikian status TK PKK Lempuyangwangi Pengelolaan sudah tidak dikelola Yayasan Lempuyangwangi, namun pengelolaannya di Tim Penggerak PKK kota Yogyakarta. Berdasarkan pengamatan dari Dinas Pendidikan Kota Yogyakarta, TK PKK Lempuyangwangi dipandang layak untuk dijadikan TK Negeri, yang diresmikan pada tanggal 13 Juli Tahun 2020 menjadi TK Negeri 5 Yogyakarta.